Ia ditunjuk sebagai juru bicara, dan beliau menyarankan untuk wilayah tersebut disebut dengan nama IRIAN.
Di bulan Juli 1946 itu juga Frans mendirikan Partai indonesia Merdeka bersama dengan Lukas Rumkorem sebagai pemimpin terpilih partai tersebut.
Pada Agustus 1947, Silas Papare memimpin untuk mengibarkan bendera merah putih Indonesia untuk memperingati Hari Kemerdekaan Indonesia.
BACA JUGA:Mengenal Sosok Jenderal Ahmad Yani, Pahlawan Revolusi Dikenang Hingga Kini
Akibatkan terjadi penangkapan semua peserta upacara oleh polisi Belanda. Kemudian mereka semua dikurung selama lebih dari 3 bulan.
Sejak itu Frans dan Johans Ariks pun mengambil peran Papare. Frans diketahui terlibat dalam pemberontakan yang terjadi di Biak pada Maret 1946, yang memprotes Pemerintahan Belanda.
Tepat di tahun 1040, beliau menolak penunjukkan sebagai pemimpin delegasi Nugini Belanda dalam Konferensi Meja Bundar Belanda-Indonesia, karena ia merasa Belanda berusaha mendikte dia. Karena perlawanannya, dia dipenjarakan dari tahun 1954 hingga 1961.
Setelah dibebaskan pada 19 Desember 1961 Frans mendirikan Partai Irian yang berupaya menyatukan Nugini Belanda dengan Republik Indonesia.
BACA JUGA:Profil 4 Pahlawan dari Bengkulu, Begini Perjuangannya untuk Indonesia
Kemudian pada tanggal 26 November 1964 Frans Kaisiepo dilantik menjadi Gubernur Irian Barat menggantikan Gubernur sebelumnya yakni Jan Bonay.
Ditetapkan Sebagai Pahlawan Nasional
Pada tahun 1993, Frans secara anumerta dinyatakan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia atas usahanya seumur hidup untuk mempersatukan Irian Barat dengan Indonesia.
Sebagai wakil Provinsi Papua, ia terlibat dalam Konferensi Malino, dimana pembentukan Republik Indonesia Serikat dibahas.
BACA JUGA:Kado Anniversary, Grand Opening Klinik Pratama Arimbi Medical Center Lubuk Linggau Sukses
Atas pengabdian jasanya, Frans Kaisiepo dianugerahi Bintang Mahaputra Adipradana Kelas Dua oleh pemerintah Indonesia.
Berdasarkan Keputusan Presiden nomor 077/TK/1993 nama Frans Kaisiepo ditetapkan sebagai pahlawan nasional Indonesia dari Papua.
Ia juga merupakan nama bandara lokal yang melayani Kabupaten Biak Numfor dan Supiori, yang dikenal sebagai Bandar Udara Internasional Frans Kaisiepo.