Jabatan lain yang pernah dijabat adalah Kepala Biro Administrasi Pimpinan Kemendagri.
Kemudian Plt Sekretaris Fasilitasi Kerjasama, Sekretaris Korpri, Kepala Sekretaris Pribadi Mendagri.
Kepala Bagian Protokol, Kepala Subdit Dana Bagi Hasil (DBH) Direktorat Fasilitasi Dana Perimbangan Ditjen Bina Keuangan Daerah. Kepala Seksi Otsus Papua, Papua Barat dan DIY.
Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan (Badan Litbang) Kemendagri, Pjs Gubernur Sulawesi Utara dan Direktur Jenderal Bina Keuangan Daerah, Kementerian Dalam Negeri Republik Indonesia.
Fatoni menikah dengan A P Widyaningtyas dan mempunyai 3 orang anak terdiri 2 putra dan 1 putri.
Pengalaman kunjungan ke luar negeri, antara lain penjajakan kerjasama dengan Australia Barat, di Australia Barat.
Kunjungan kerja dalam rangka kerja sama dan percepatan gagasan smart city di Korea Selatan, kerja sama tata ruang dan investasi hijau di Inggris. (*)